徐書華

發布時間：2021-07-09瀏覽次數：7203

教師基本信息：

姓名：徐書華

職稱：特聘教授（二級）

職務：進化生物學中心主任

電子郵箱：xushua@fudan.edu.cn

辦公地點：生命科學學院C611

辦公電話：021-31246617

個人網頁/課題組主頁：https://pog.fudan.edu.cn/#/home (複旦)；http://www.picb.ac.cn/PGG/（中科院）


研究方向：群體組學/人類遺傳/分子進化/生物信息學/計算生物學


個人簡介：

徐書華，無黨派人士；2006年博士畢業於複旦大學，同年入職中科院-馬普學會計算生物學夥伴研究所，曆任助理研究員、副研究員、研究員；2009年建立群體基因組學研究組（PGG）；2012-2018年擔任德國馬普學會和中科院共同支持的青年科學家小組組長；2013年入選首批萬人計劃青年拔尖人才；2015年獲國家傑出青年基金；2016年入選上海市優秀學術帶頭人；2018年入選科技部中青年科技創新領軍人才；2019年獲英國皇家學會牛頓高級訪問學者基金資助；2021年入選國家萬人計劃科技領軍人才。2021年7月入職複旦大學任特聘教授，建立人類群體組學實驗室（POG）。兼任上海市遺傳學會理事長、中國遺傳學會常務理事、上海市人類學會常務理事；兼任多個SCI學術期刊編委如JGG（中國）、Molecular Genetics and Genomics (德國)共同主編、Hereditas (英國)、BMC Genetics (英國) Section Editor、BMC Genomic Data (英國)資深編輯。長期致力於人類群體基因組學研究，發展和運用群體基因組學方法和計算生物學手段，將群體遺傳學和分子進化理論應用於適應性演化和疾病發生機製研究；在Nature, Science, Cell, PNAS, Cell Sys., Nat Genet, Nat Commun, Genome Biol, AJHG, NAR, NSR, Gut, Genome Res, MBE等期刊發表SCI收錄學術論文100多篇、被引用8000多次。成果入選F1000優秀論文、期刊“亮點論文”、Science，Scientific American等專文報道。曾獲中科院青年科學家獎、中科院院長獎（導師）、教育部自然科學一等獎、國家自然科學二等獎等。

Dr. Shuhua Xu is professor of human population genetics and Principal Investigator of Population Omics Group at Fudan University. He joined Chinese Academy of Sciences (CAS) and Max-Planck Society Partner Institute for Computational Biology (PICB) in 2006 after he received his PhD at Fudan University. He was appointed the position of Principal Investigator in 2009 and led the Population Genomics Group (PGG). He was appointed the position of Max-Planck Independent Research Group Leader in 2011, and supported by both Max-Planck and CAS from 2012 to 2018. He is currently holding a Distinguished Professorship at Fudan University and a Distinguished Adjunct Professorship at ShanghaiTech University, China. The Population Omics Group led by Dr. Xu is using computational approaches and developing new methods to dissect genetic architecture of human populations, quantitatively characterize their admixture features, and reveal their migration history and adaptive divergence. Dr. Xu has authored many scientific papers published in Nature, Science, Cell, PNAS,Nature Genetics, Nature Communications,Genome Biology, The American Journal of Human Genetics, Nucleic Acids Research, Genome Research, Molecular Biology and Evolution, the PLoS and the BMC series. Dr. Xu serves as Editorial Board member of several international peer-reviewed journals such as JGG,Hereditas, Human Genomics, Molecular Genetics and Genomics (co-Editor-in-Chief), Frontier in Genetics, Scientific Reports, BMC Genetics (Section Editor), BMC Genomic Data (Senior Editor).


授課情況：

  1. 《Human Evolutionary Genetics》(本科生榮譽課程，課程代碼：BIOL130073h)（64學時）

  2. 《Human Evolutionary Genetics》(研究生課程，課程代碼：BIOL620079)（32學時）

  3. 《基因組學》（本科生課程，課程代碼：BIOL130037.01）（32學時）

  4. 《基因組學》（研究生課程，課程代碼：BIOL820005）（48學時）

  5. 《進化生物學》（研究生課程，課程代碼：BIOL130074）（32學時）

  6. 《人類表型組學》（課程代碼：BIOL130180.01 & BIOL737008.01 (G)）（64學時）


招生專業：生物信息學/遺傳學/人類生物學


科研項目：

  • 國家重點研發計劃（批準號：2023YFC2605400）；重大病毒病的易感性機製及篩查關鍵技術研究；2023.11-2026.10；項目負責人：徐書華（在研）。

  • 國家自然科學基金—基礎科學中心項目（批準號：32288101）；低壓低氧環境下人類複雜性狀的表型組分析與係統解構；2023.1-2027.12；骨幹：徐書華（在研）。

  • 國家自然科學基金—重點項目（批準號：32030020）；我國精準醫學的群體基因組學基礎理論分析與應用研究；2021.1-2025.12；負責人：徐書華（在研）。

  • 國家自然科學基金—專項項目（批準號：32041008）；新型冠狀病毒的人群遺傳易感性研究和遺傳篩查體係構建；2020.3-2022.3；負責人：徐書華（結題）。

  • 英國皇家學會（The Royal Society）—Newton Advanced Fellowship —（批準號：NAF\R1\191094）；Population genomic analysis of diverse indigenous East and Southeast Asian peoples；2019.3-2023.12；負責人：徐書華（結題）。

  • 中科院前沿科學重點項目（批準號：QYZDJ-SSW-SYS009）；人群混合驅動遺傳負荷動態演化的機製研究；2016.1-2020.12；負責人：徐書華（結題）。

  • 國家重點研發計劃（批準號：2016YFC0906403）;建立精神分裂症個體化診療方案及開發相應的精準檢測技術; 2016.7-2020.12；課題負責人：徐書華（結題）。

  • 國家自然科學基金—重大研究計劃—集成項目（批準號：91731303）；不同時期遺傳混合對東亞、東南亞等地區人群基因多樣性的影響及其適應機製；2018.1-2019.12；負責人：徐書華（結題）。

  • 中國科學院—先導專項B類— “動物複雜性狀的進化解析與調控”；第四項目：複雜性狀形成與演化的進化驅動力（批準號：XDB13040100）；2014.7-2019.6；負責人：徐書華（結題）。

  • 國家傑出青年基金（批準號：31525014）；群體基因組學；2016.1-2020.12；負責人：徐書華（結題）。



獲獎情況：

  • 2021年度上海市生物信息學會傑出貢獻獎（2021）

  • Journal of Genetics and Genomics 2020年度優秀編委獎（2020）

  • 遺傳與發育協同創新中心2019年度“十大科技進展”（2020）

  • 2019年度中國生物信息學十大進展（2020）

  • 2019年度中國生物信息學十大數據庫（2020）

  • 教育部自然科學一等獎（第5完成人）（2018）

  • 中國科學院青年創新促進會（首屆）“優秀會員”（2015）

  • 國家自然科學二等獎（第2完成人）（2015）

  • 中國科學院上海分院“青年五四獎章”（2015）

  • 上海市遺傳學會傑出貢獻獎（2015）

  • 中國科學院青年創新促進會2012-2013年度“優秀會員”（2013）

  • 中科院青年科學家獎（2012）

  • 中科院上海生科院-美國禮來公司優秀畢業論文導師獎（2012）

  • 中科院上海分院第三屆傑出青年科技人才獎（2012）

  • 教育部自然科學獎（一等）（第2完成人）（2012）

  • 上海市科技啟明星（2011）

  • 全國百篇優秀博士學位論文（2011）

  • 法國賽諾菲-安萬特-上海生科院青年人才獎（2009）

  • 日本明治乳業生命科學獎（2009）

  • 中國科學院盧嘉錫青年人才獎（2009）


代表性論文和論著：

  1. Yang Gao#, Xiaofei Yang#, Hao Chen#, Xinjiang Tan#, Zhaoqing Yang#, Lian Deng#, Baonan Wang, Shuang Kong,Songyang Li,Yuhang Cui,Chang Lei,Yimin Wang, Yuwen Pan, Sen Ma, Hao Sun, Xiaohan Zhao, Yingbing Shi,Ziyi Yang,Dongdong Wu, Shaoyuan Wu, Xingming Zhao, Binyin Shi, Li Jin, Zhibin Hu,Chinese Pangenome Consortium (CPC), Yan Lu*, Jiayou Chu*, Kai Ye*, Shuhua Xu*.A Pangenome Reference of 36 Chinese populations. Nature.2023.619:112–121.

  2. Zhilin Ning#, Xinjiang Tan#, Yuan Yuan#, Ke Huang, Yuwen Pan, Lei Tian, Yan Lu, Xiaoji Wang, Ruicheng Qi, Dongsheng Lu, Yajun Yang, Yaqun Guan, Dolikun Mamatyusupu, Shuhua Xu*. Expression profiles of East-West highly differentiated genes in Uyghur genomes. National Science Review.2023.10:nwad077.

  3. Xiaohan Zhao, Shuhua Xu, Sen Ma, Baonan Wang, Xuetong Jiang, Shuhua Xu*.PGG.MHC: Toward understanding the diversity of major histocompatibility complexes in human populations. Nucleic Acids Research.2022.51(D1):D1102-D1108.

  4. Yimin Wang, Yunchao Ling, Jiao Gong, Xiaohan Zhao, Hanwen Zhou, Bo Xie, Haiyi Lou, Xinhao Zhuang, Li Jin, Shaohua Fan*, Guo-Qing Zhang*, Shuhua Xu*.PGG.SV: a whole-genome-sequencing-based structural variant resource and data analysis platform. Nucleic Acids Research.2022.51(D1):D1109–D1116.

  5. Rui Zhang,Xumin Ni, Kai Yuan, Yuwen Pan, Shuhua Xu*.MultiWaverX: modeling latent sex-biased admixture history. Briefings in Bioinformatics.2022.23(5):bbac179.

  6. Yuwen Pan, Panhong Liu, Fang Wang, Peng Wu, Fanjun Cheng, Xin Jin, Shuhua Xu*. Lineage-specific positive selection on ACE2 contributes to the genetic susceptibility of COVID-19. National Science Review.2022.9(9):nwac118.

  7. Haiyi Lou#*, Bo Xie#, Yimin Wang#, Yang Gao, Shuhua Xu*. Improved NGS variant calling tool for the PRSS1–PRSS2 locus.Gut.2022.72(1):210-212.

  8. Yuwen Pan#, Chao Zhang#, Yan Lu#, Zhilin Ning, Dongsheng Lu, Yang Gao, Xiaohan Zhao, Yajun Yang, Yaqun Guan, Dolikun Mamatyusupu and Shuhua Xu*. Genomic diversity and post-admixture adaptation in the Uyghurs. National Science Review.2022.9(3):nwab124.

  9. Haiyi Lou#*, Yang Gao#, Bo Xie#, Yimin Wang#, Haikuan Zhang, Miao Shi, Sen Ma, Xiaoxi Zhang, Chang Liu, Shuhua Xu*. Haplotype-resolved de novo assembly of a Tujia genome suggests the necessity for high-quality population-specific genome references. Cell Systems.2022.13(4):321-333.

  10. Lian Deng#, Yuwen Pan#, Yinan Wang, Hao Chen, Kai Yuan, Sihan Chen, Dongsheng Lu, Yan Lu, Siti Shuhada Mokhtar, Thuhairah Abdul Rahman, Boon-Peng Hoh, Shuhua Xu*. Genetic connections and convergent evolution of tropical indigenous peoples in Asia. Molecular Biology and Evolution.2022.39(2):msab361.

  11. Kai Yuan#, Xumin Ni#, Chang Liu#, Yuwen Pan#, Lian Deng#, Rui Zhang#, Yang Gao, Xueling Ge, Jiaojiao Liu, Xixian Ma, Haiyi Lou, Taoyang Wu and Shuhua Xu*. Refining models of archaic–modern human admixture in Eurasia with ArchaicSeeker 2.0.Nature Communications.2021.12:6232.

  12. Xixian Ma#, Wenjun Yang#, Yang Gao, Yuwen Pan, Yan Lu, Hao Chen, Dongsheng Lu, Shuhua Xu*. Genetic origins and sex-biased admixture of the Huis. Molecular Biology and Evolution.2021.38(9):3804-3819.

  13. Yang Gao#, Chao Zhang#, Liyun Yuan#, YunChao Ling, Xiaoji Wang, Chang Liu, Yuwen Pan, Xiaoxi Zhang, Xixian Ma, Yuchen Wang, Yan Lu, Kai Yuan, Wei Ye, Jiaqiang Qian, Huidan Chang, Ruifang Cao, Xiao Yang, Ling Ma, Yuanhu Ju, Long Dai, Yuanyuan Tang, The Han100K Initiative, Guoqing Zhang, Shuhua Xu*.  PGG.Han: The Han Chinese Genome Database and Analysis Platform. Nucleic Acids Research. 2020,48(D1):D971-D976.

  14. Chao Zhang#, Yang Gao#, Zhilin Ning#, Yan Lu#, Xiaoxi Zhang, Jiaojiao Liu, Bo Xie, Zhe Xue, Xiaoji Wang, Kai Yuan, Xueling Ge, Yuwen Pan, Chang Liu, Lei Tian, Yuchen Wang, Dongsheng Lu, Boon-Peng Hoh, Shuhua Xu*.  PGG.SNV: Understanding the evolutionary and medical implications of human single nucleotide variations in diverse populations. Genome Biology. 2019,20:215.

  15. Lian Deng#, Chao Zhang#, Kai Yuan#, Yang Gao#, Yuwen Pan, Xueling Ge, Yaoxi He, Yuan Yuan, Yan Lu, Xiaoxi Zhang, Hao Chen, Haiyi Lou, Xiaoji Wang, Dongsheng Lu, Jiaojiao Liu, Lei Tian, Qidi Feng, Asifullah Khan, Yajun Yang, Zi-Bing Jin, Jian Yang, Fan Lu, Jia Qu, Longli Kang, Bing Su, Shuhua Xu*. Prioritizing natural selection signals from the deep-sequencing genomic data suggests multi-variant adaptation in Tibetan highlanders. National Science Review. 2019,6(6):1201–1222.

  16. Chao Zhang#, Yang Gao#, Jiaojiao Liu, Zhe Xue, Yan Lu, Lian Deng, Lei Tian, Qidi Feng, Shuhua Xu*.  PGG.Population: a database for understanding the genomic diversity and genetic ancestry of human populations. Nucleic Acids Research. 2018,46:D984–D993.

  17. Chao Zhang#, Yan Lu#, Qidi Feng#, Xiaoji Wang#, Haiyi Lou, Jiaojiao Liu, Zhilin Ning, Kai Yuan, Yuchen Wang, Ying Zhou, Lian Deng, Lijun Liu, Yajun Yang, Shilin Li, Lifeng Ma, Zhiying Zhang, Li Jin, Bing Su, Longli Kang, Shuhua Xu*. Differentiated demographic histories and local adaptations between Sherpas and Tibetans. Genome Biology. 2017, 18:115.

  18. Dongsheng Lu, Haiyi Lou, Kai Yuan, Xiaoji Wang, Yuchen Wang, Chao Zhang, Yan Lu, Xiong Yang, Lian Deng, Ying Zhou, Qidi Feng, Ya Hu, Qiliang Ding, Yajun Yang, Shilin Li, Li Jin, Yaqun Guan, Bing Su, Longli Kang, and Shuhua Xu*. Ancestral Origins and Genetic History of Tibetan Highlanders. American Journal of Human Genetics.2016, 99:580-594.

  19. Haiyi Lou, Yan Lu, Dongsheng Lu, Ruiqing Fu, Xiaoji Wang, Qidi Feng, Sijie Wu, Yajun Yang, Shilin Li, Longli Kang, Yaqun Guan, Boon-Peng Hoh, Yeun-Jun Chung, Li Jin, Bing Su, Shuhua Xu*.A 3.4-kb Copy-Number Deletion nearEPAS1Is Significantly Enriched in High-Altitude Tibetans but Absent from the Denisovan Sequence.American Journal of Human Genetics.2015, 97(1):54-66.

  20. Wenfei Jin, Sijia Wang, Haifeng Wang, Li Jin, Shuhua Xu*.Exploring Population Admixture Dynamics Using Empirical and Simulated Genome-Wide Distribution of Ancestral Chromosomal Segments.American Journal of Human Genetics.2012,91:849-862.

  21. Shuhua Xu*, Irina Pugach, Mark Stoneking, Manfred Kayser, Li Jin, The HUGO Pan-Asian SNP Consortium. Genetic Dating Indicates that the Asian-Papuan Admixture through Eastern Indonesia Corresponds to the Austronesian Expansion.Proceedings of the National Academy of Sciences. 2012,109(12):4574-4579.

  22. The HUGO Pan-Asian SNP Consortium (Li Jin*, Edison T. Liu*, Mark Seielstad*, Shuhua Xu*; 93 authors from 10 countries).Mapping Genetic Diversity in Asia. Science.2009,326:1541-1545.


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